En PHP 5.3 normalmente las extensiones o módulos se activaban por medio del archivo php.ini manualmente. Y desde la versión de PHP 5.4, las cosas cambian, y ahora es necesario utilizar un comando especial desde la consola, para poder activar una extensión que se encuentre correctamente instalada y desactivada.
La función para activar una o varias extensiones de PHP desde la consola o terminal es:
php5enmod extensión
Dónde extensión es el nombre de la extensión, por ejemplo para activar PHP-GD:
php5enmod gd
La función para desactivar una o varias extensiones de PHP desde la consola o terminal es:
php5dismod extensión
Dónde extensión es el nombre sencillo de la extensión.
Ejemplos de nombres de extensiones:
gd, apc, memcache, mysqli, xml.
Existen más pero son solo las que recuerdo, y para que los cambios surtan efecto, se tiene que reiniciar Apache 2, o Nginx, o cualquier Servidor Web que se use; aunque esto del reinicio no estoy seguro si sea necesario. Como nota adicional, el no usar estas funciones para activar y desactivar extensiones en PHP 5.4, podría causar problemas de estabilidad, o que PHP simplemente no funcione, y esto es porque podríamos estar activando una extensión dos veces, y no es algo muy bueno o recomendado.